Los años 2007 y 2008, la Asociación FAUNAGUA está ejecutando los siguientes proyectos y programas:
Elaboración de estrategias de aprovechamiento sostenible y manejo de los recursos hidrobiológicos y pesqueros en la amazonía boliviana y pantanal boliviano.
Fortalecimiento de turismo comunitario en la Amazonía boliviana y pantanal boliviano.
Elaboración e implementación de Planes de Manejo del lagarto (Caiman yacare)
Monitoreo a largo plazo de las pesquerías comerciales y artesanales de la Amazonía boliviana.
Estudio y conservación de las poblaciones de la londra (Pteronura brasiliensis) y el bufeo (Inia boliviensis) en las zonas bajas de Bolivia.
Elaboración de información cartográfica sobre humedales de Bolivia.
Aprovechamiento integral, legal y sostenible de recursos hidrobiológicos, en particular mediante el fortalecimiento de curtiembres artesanales